群英會陪都
一九四〇年三月，蔡元培在香港去世的消息傳到昆明，抗戰中由南京至長沙，再由長沙遷到昆明的中研院各所、中央博物院籌備處與西南聯大同仁無不同聲悲泣。傅斯年在昆明郊外龍頭村旁邊山中史語所租住的彌陀殿大殿前，專門組織召開追悼會，除史語所與中央博物院籌備處人員外，中國營造學社的梁思成、林徽因夫婦及學社同仁也前往參加。史語所所長傅斯年在講述故校長、院長兼恩師蔡元培的生平、特別是上海淪陷前後一段經歷時，淚如雨下，幾度哽咽而不能語。此時中國的抗戰正陷入低潮，日軍攻勢淩厲，中國東部最豐腴的國土盡失，國際社會無一援手。國民政府幾乎陷入外無救兵、內無糧草的絕境。蔡元培去世，令遷往昆明的中研院各研究所同仁心頭蒙上了一層揮之不去的陰影。追悼會後，傅斯年與史語所考古組主任李濟均流露出樹倒猢猻散的悲情。當時在座的西南聯大歷史系教授兼秘書長鄭天挺事後頗為感慨地語人：「孟真、濟之皆目前國內一流的學者，尚且如此，真是國家學術機構之不幸。」
當然，作為倖存者，不會真的因蔡元培這棵大樹的倒掉而四散湮滅，每一個具有血性的中華兒女都深知，在如此嚴峻的歷史轉折關頭，只有一條路可供選擇，這就是咬緊牙關挺過艱難的時局，積蓄力量，與中國軍民一道實現戰略反攻，贏得抗戰的最後勝利。為使中研院各個系統不致因其締造者蔡元培去世而在戰火中癱瘓，院長繼任人選很快被提上議事日程。這個時候，中研院還沒有後來的院士制度；中研院成立之初，在蔡元培、楊杏佛、傅斯年等人的努力下，創立了一個評議會作為全國最高學術評審機構，這一機構除負責聯絡國內各研究機關，決定研究學術方針，促進國內外學術研究合作互助外，還握有推舉院長候補人的權利。評議會以院長為議長，設秘書一人，負責日常事務。評議會的評議員以中研院各研究所所長以及重量級的研究員為當然人選，另有部分知名大學教授和教育、科學界傑出人士組成——這便是中國院士制度的雛形。
按既定章程，中研院院長產生實行提名制，即由該院評議會通過聘請的評議員以投票方式，選出三位候選人呈報國民政府，由政府最高決策者從三位被提名的候選人中圈定一人，有幸被圈定者，就是合法的中研院院長。
一九四〇年三月中旬，評議會秘書、地質學家翁文灝在與中研院總幹事任鴻雋，前總幹事朱家驊，教育部長王世杰等人溝通後，呈報國民政府批准，召集散落在全國各地的評議員赴重慶開會，選舉新一屆院長。
在昆明的中研院各所所長與著名學者傅斯年、陶孟和、李濟、竺可楨、李四光、丁西林，以及西南聯大的蔣夢麟、周炳琳、陳寅恪等人接到通知，紛紛向國民政府陪都重慶雲集而來，每個評議員都渴望自己看好的對象能夠當選。鑒於複雜的政治人事關係，由誰來坐中研院第一把交椅，評議員們皆心中無數。即使是神通廣大、霸氣十足，具有國民政府參政員身份的史語所所長傅斯年，對此次選舉前景究竟如何，也是霧中看花，不甚明瞭。有人主張既然蔡元培是由北大校長轉為大學院和中研院院長，現任北大校長、西南聯大常委蔣夢麟就應該名正言順地繼任，中研院社會科學研究所所長陶孟和對鄭天挺試探性地說：「看來這次夢麟先生應當出來了。」鄭天挺深知此事遠沒有如此簡單，不置可否。
果然不出所料，到達重慶後，有相當一部分評議員並未把蔣夢麟放在眼裡，反而「談到此事，都說（胡適）先生一票不可少」。身為評議員的學界重量級大腕、中研院史語所歷史組主任、西南聯大歷史和中文兩系合聘教授陳寅恪公開放言：「本人不遠千里來重慶，只為了投胡適先生一票。」按照眾評議員的私下議論，時正擔任駐美大使的胡適得了頭彩，屬於擔任院長的最佳人選。只是，同中國所有地方的官場一樣，由於各方面的明爭暗鬥，導致選舉事項橫生枝節，頓起波瀾。
滿目山河空念遠
因躲避日本人炸彈而流亡李莊的知識份子，蟄伏在揚子江盡頭這個古老小鎮苦苦等待了近五年時光，終於迎來了抗日戰爭的勝利。一九四六年十月，中研院史語所、社會科學研究所和中央博物院籌備處等學術機構陸續離開李莊回到南京，梁思成主持的中國營造學社與北大文科研究所回遷北平，同濟大學回歸上海。至年底，復員事宜全部結束，隨著一九四七年元旦鐘聲響起，歷史揭開了新的一頁。
正當眾人於亢奮中滿懷熱情欲重整山河，為學術進步、民族尊榮大顯身手時，內戰爆發，國共兩黨展開了新一輪搏殺，中華大地再度陷入烽火連天、人頭亂滾的時局。經過兩年交戰，共軍越戰越勇，跨過北方的白山黑水一路向南推進，國軍兵敗如山倒，南京政府岌岌可危。
一九四八年十一月底，朱家驊奉命召開「中央研究院在京人員談話會」，由新任總幹事薩本棟主持，分別召集在京七個研究所負責人及相關人員參加，出席人員有傅斯年、李濟、陶孟和、姜立夫、陳省身、張鈺哲、俞建章、羅宗洛、趙九章等。會議緊急商定了幾條應對措施：立即停止各所的基建、擴建工程，原備木料全部製成木箱以備搬遷之需；各所儘快徵詢同人意見，作好遷台準備。眷屬可自行疏散，或於十日內遷往上海，可能出國者儘量助其成；南京地區文物、圖書、儀器、文卷等等先行集中上海，由安全小組封存，伺機南運台灣等等。
會議之後，各所領導人組織人員攜公私物資陸續向上海撤退，靜觀待變。與此同時，根據蔣介石和國民政府行政院院長翁文灝的指令（按：翁接替宋子文任該職，十一月二十六日辭職），南京的故宮博物院分院、中央博物院籌備處、中央圖書館、中研院史語所等四家機構所藏的珍貴文物、圖書和歷史檔案，全部裝箱運往台灣，由教育部次長、故宮博物院理事會秘書、中央博物院籌備處主任杭立武全權指揮。待一切準備就緒後，海軍司令部派來中鼎號運輸艦與一團官兵協助裝運。此時整個國統區已是人心惶惶，流言四起，紛紛設法出逃。據當時參加裝運的故宮博物院南京分院人員那志良說：「海軍部人員聽說有船開往台灣，大家攜家帶眷帶了行李，趕來搭便船，船上擠滿了人。我們覺得對文物安全是有問題的，由杭立武先生找來海軍司令桂永清解決這事。他上了船，百般勸慰，說另有船疏散眷屬，他們才相繼下船。」此船共裝運四家機構運來的古物和歷史檔案、標本、儀器等七百七十二箱，由李濟擔任押運官，全程負責運輸、裝卸事宜。這時李濟已辭去中央博物院籌備處主任之職，此次以故宮博物院理事與史語所考古組主任的身份負責這項事務。在搬遷之前，中共已得到消息，急派一位原李濟的學生、秘密加入中共地下黨的人物出面勸阻，但李並未聽從，並告之曰：「保護這批古物是我的職責，自盧溝橋事變之後，我已護送這批珍寶跋涉了大半個中國，終得以保全。現在我同樣不能眼看著祖宗留下的國寶毀於戰火。國共之戰我管不了，但如果我能保全這批文物而撒手不管，是為不忠不孝，對不起後世子孫。」
勸阻者怏怏而去，中共方面又轉而找到傾向共產黨的陶孟和對李濟委婉相勸，但李仍不買賬，呈慷慨激昂狀對陶說：「如果你陶孟老能保證這批古物不在戰爭中被毀，並有科學證據說服眾人，同時能擔當起這個責任，那我就放棄。」陶氏當然拿不出科學證據，更不敢擔當這份與江山社稷緊密相連的「國之重器」存亡之重責，乃罷。李濟以譏諷的口氣說道：「你陶孟老不是也帶人跑到上海躲起來了嗎？對於我們做的事又橫加指責，這不是五十步笑百步嗎？台灣與上海同為中國的領土，並不是外國人的領地，在整個大陸都籠罩在炮火的非常時刻，中華民族的珍寶放到祖國領土最安全的地方，乃我之責也。」陶孟和聽罷，不再與之辯論。
一九四八年十二月二十日，滿載國寶的中鼎號軍艦拔錨起程，由上海進入激流洶湧的台灣海峽，向陌生、神秘的基隆港駛去。據隨李濟押運的那志良回憶說：在行程中，因「這一隻船是平底的，遇到風浪，船搖搖擺擺，顛簸不定，船上的箱子又沒捆好，船向左傾，箱子便滑到左邊來，向右傾斜，箱子又滑到右邊去了，隆隆之聲，不絕於耳。海軍司令又托船長帶了一條狗。它又在那裡不住地狂吠，加以風聲、濤聲，這些押運人員直覺得是世界末日要到了。」軍艦在大海裡顛簸一個星期，直到二十七日才到達基隆。由於前方戰事吃緊，海軍一時無船續派，第二批箱子就租賃招商局一隻海滬輪進行起運，由於商船本身船艙較大，僅史語所的古物、資料就裝載了九百三十四箱。該船於一九四九年一月六日起航，僅三天即到達基隆。
第三批是海軍部派來的昆侖號運輸艦。當古物裝載時，海軍部人員眷屬拖兒帶女呼呼隆隆地擁向船艙搶佔座位。杭立武仍用老辦法請桂永清前來勸阻。此時國軍戰事更為不利，人心越發焦灼慌亂，當桂永清命令眾人下船時，「大家都哭了，希望老長官原諒他們，幫他們的忙。那種淒慘的樣子，使得總司令也落了淚。他沒有辦法可想，只有准許他們隨船去了」。該艦自一九四九年一月二十九日開出，直到二月二十二日才抵達基隆。至此，四家機構共四千二百八十六箱古物、資料、珍貴圖書、檔案等全部運完，無一件損壞。故宮博物院南京分院運去的珍貴文物就多達二千九百七十二箱，這批文物後來存放於新建的台北故宮博物院，成為這個博物院展品的重要支柱。史語所僅內閣大庫檔案就多達三十一萬一千九百十四卷（冊），其中明代檔案三千多卷（件）。檔案先借放於台北楊梅鐵路局倉庫，後轉南港史語所辦公大樓資料庫永久保存。
就在四家機構的古物、圖書、檔案等倉皇運台之時，朱家驊奉命動員中研院各所人員全部遷台。出於各種複雜的考慮，大多數人員不願隨遷，仍要在南京、上海靜觀待變。以陶孟和為首的部分人員私下堅決反對遷台，堅持要留在大陸，靜候共產黨軍隊的到來。一九四八年十一月三十日，陶孟和參加在京人員談話會時，毫不客氣地對朱家驊說：「搬不搬要同全所同仁商量，以多數人意見為依歸。」十二月九日，面對朱家驊催促，陶孟和以所務會已開過，「全所人員多一票」決定不遷，以此對朱作了簡單的答覆。朱家驊聽罷，認為陶氏明顯是在與自己作對，又急又怒，當場以「出席人員中包括助理研究員，不符合規定」為由，強令對方搬遷，陶置之不理，並以各種理由拖延下去。面對朱家驊步步進逼，陶孟和給手下的同仁打氣說：「朱家驊是我的學生，我可以頂他，他不敢把我怎麼樣。」意思是你們這些小的們不要怕，一切事由我這棵大樹頂著。社會學所人員聽從了陶的建議，繼續拖延下來。
一九四九年三月六日，陶孟和在《大公報》發表署名文章《搬回古物圖書》，明確表示反對遷台。文中說：「對於這些古物、圖書、儀器遷台，我們積極的反對，我們嚴厲的予以斥責。我們主張應該由政府盡速將它們運回，發還或分配給所屬的機關。」陶所列舉的理由，除了運輸條件與存放地點極不適宜外，還說「最根本的反對理由，就是我們不承認任何人可以隨意決定搬運並處置這些古物與圖書。我們相信這些古物與圖書決不是屬於任何個人、任何黨派，就是政府也不能對於它們要求所有權。它們是屬於國家的，屬於整個民族的，屬於一切的人民的」云云。文中認為「政權的衝突，政權的更迭，都不應牽涉國家民族的寶藏」，強烈要求「政府立刻籌最妥善的方法，將運到台灣的各項古物圖書儀器運回大陸，分配給各應該接受的機關」。這個時候，陶氏的呼籲在外人看來無異於癡人說夢，一廂情願。但陶孟和心中卻清楚地知道，這個夢囈般的聲明是會幫他在現實政治中得到一個實實在在的分數的。五月，竺可楨由杭州潛往上海，聽任鴻雋、陳衡哲夫婦說：「陶孟和頗贊成共產，近來大發議論，於首都陷落前赴京」云云。此時的陶孟和整個身心顯然已倒向共產黨一方，因而朱家驊的一切努力皆成徒勞，社會科學研究所最終未被拖走而留了下來。
一九四九年四月二十三日，陶孟和以極其興奮的心情迎接中國人民解放軍佔領南京的儀式。第二天，第三野戰軍司令員陳毅身著灰布軍服，帶一位警衛員，來到中研院社會研究所辦公樓看望陶孟和。由於陶事先不知道陳氏到來，像往常一樣身著長袍至會客室相見，待互道姓名以後，乃知對方身份。據陳毅說，他早年在北平中法大學讀書時，曾讀過陶孟和發表的一些文章，受到啟發，並留有印象云云。到底讀過什麼具體的文章，陳氏沒有說出，或許已不必說出。在解放軍渡江前夕，陶孟和與幾位同道者在報紙上陸續發表的文章，已被這位陳司令員所聞並表示讚賞。
同年五月十七日，中國人民解放軍南京軍管會文教會派趙卓到中研院總辦事處，召集員工聯誼會理事會，陶孟和積極出面支持軍管會的工作。九月，中國人民政治協商會議第一屆會議在北京召開，陶孟和以「特別邀請人士」身份出席會議，被選為政協全國委員會常務委員。
一九四九年十月十九日，成立未久的新中央人民政府委員會第三次會議，任命郭沫若為中國科學院院長，陳伯達、李四光、陶孟和、竺可楨為中國科學院副院長。當時的中國科學院乃新政權接收國民黨中研院及北平研究院組建而成，調整後有十六個研究單位。陶氏能擠進新生的中國科學院並出任高級職務，據說是陳毅出面向中共中央力薦的結果。
這年十一月一日，中國科學院在北京正式辦公，後來即以此日為中國科學院成立日。建院之初，科學院下設辦公廳和研究計劃局、國際合作局（聯絡局）、出版編譯局等三個局，陶孟和為副院長兼編譯局局長。
有些巧合的是，中國科學院於一九五〇年遷入文津街三號，正是三十年代原社會調查所與靜生生物調查所舊址。陶孟和被分配的辦公室就在他原任社會調查所所長的那間屋內。幾十年光陰匆匆流過，大半個中國轉遍，想不到又回到了事業起點的位置。舊地新任，陶孟和百感交集，儘管他不再像當年那樣年輕，不再為自立山頭和是否歸附水泊梁山，以及是否與中基會總幹事任鴻雋不惜一戰等問題傷腦筋，不再整日戰戰兢兢，如履薄冰。但面對自己坐下的那把級別顯然有所增高的新交椅，內心感到不太踏實的同時，也伴有對新政權由衷的感激。正是懷揣這樣一個感恩戴德的夢想，在紅色政權剛剛成立之時，他與同時被任命為副院長的竺可楨從北京返回南京、上海等地，憑藉在學術界的聲望和影響，同時以新任党國大員的赫赫聲威，召集收攏已散落於各派系山頭的舊部與科學界好友留在大陸，共為紅色政權效力。只是出乎陶孟和預料，當他環顧四周，突然發現面臨的處境並不樂觀，且越來越明顯地陷入有苦難言的尷尬境地。當陶孟和坐上中國科學院副院長交椅的時候，他一手經營的社會科學研究所，依然設在被視為蔣介石老巢的南京，工作、生活方面諸多不便，經批准於一九五二年底遷到北京。這個時候，社會學已經被紅色政權當作偽科學遭到了否定，該所到北京後即被改為學術性質和研究方向大不相同的經濟研究所，整個社會學專業被無情地取締。正如陶的部下巫寶三所說，「到一九五二年底，可以說社會調查所和社會研究所完成了它的歷史使命」。這個由陶孟和頂著各方壓力一手創建、中途經過改編和重組，歷經風雨坎坷並始終由陶氏掌舵達二十六年之久，且最初是以研究人民生活問題為主要方向的社會調查所，就這樣如一縷輕煙無聲無息地消失了。無論是陶孟和本人還是他手下的研究人員，幾十年的打拼奮鬥，最後落到學術成果無人理會，甚至連自己的專業都保不住的悲愴境地，其內心的痛苦與精神上的打擊可想而知。
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